《分子植物育種》（雙月刊）創刊于2003年，由海南省生物工程協會主辦。是一份為轉基因育種、分子標記輔助育種及常規育種服務的國際化科學期刊，內容涉及了水稻、小麥、玉米、油菜、大豆、棉麻、薯類、果樹、蔬菜、花卉、茶葉、林草等多方面，主要是刊登分子遺傳育種理論、分子育種方法、分子育種研究動態以及優良種質培育的科學論文報道。主要欄目：專題評述、研究論文、研究報告、專題介紹、論文簡報、新基因、新種質、新品種、新思路、新技術、新方法、術論壇與信息。

《分子植物育種》獲2009年海南出版物二等獎、2012年獲海南省出版物政府獎三等獎。