《常熟理工學院學報》的前身是創辦于1988年的《蘇州師專學報》（1990年更名為《吳中學刊》）和創辦于1992年的《常熟高專學報》（自然科學版）；1999年在《吳中學刊》（社科版）和《常熟高專學報》（自然科學版）的基礎上創辦公開出版的《常熟高專學報》（文理綜合版），雙月刊；2005年，《常熟高專學報》更名為《常熟理工學院學報》（文理綜合版），雙月刊。2007年，

《常熟理工學院學報》（綜合版）由雙月刊改為月刊出版。2013年，該刊由月刊改為雙月刊。1、3、5期為哲學社會科學，2、4為自然科學，第6期為教育科學，逢單月20日出刊。該刊堅持“質量第一”的原則，注重富于創造性以及理論性或應用性較強的稿件，讀者對象主要為高校師生和廣大科技工作者。

《常熟理工學院學報》2001-12:榮獲由中國學術期刊(光盤版)編輯委員會和《中國學術期刊(光盤版)檢索與評價數據規范》執行評優活動組織委員會頒發的"《CAJ-CD規范》執行優秀獎"; 2002-5:在中國高等自然科學學報研究會高職高專學報評比中榮獲"優秀學報三等獎"; 2002-8:在中國人文社會科學學報學會舉辦的第二屆全國高等學校社科學報評優活動中被評為"質量進步社科學報"; 2006-4:在中國人文社會科學學報學會舉辦的第三屆全國高等學校社科學報評優活動中被評為"全國優秀社科學報"; 2007-5:在第六屆江蘇省期刊質量評估及優秀期刊評選活動中,本刊繼第五屆之后再次被評為社科類一級期刊; 2007-12:在第六屆江蘇省期刊質量評估及優秀期刊評選活動中,本刊獲編校質量"三等獎".