《清華大學學報（自然科學版）》（月刊）1915年創刊，國內外公開發行。主要刊登理工科基礎理論研究與實驗研究學術論文，及時反映學術上有特色、代表學科前沿、當前國際上科學界關心的科技研究成果，推動學術交流，促進研究成果的產業化，發揮科學技術為第一生產力的作用。被多家國際性文獻檢索機構，如Ei、CA、MR、РЖ、INSPEC、Zbl等及國內多家全國性文獻檢索機構收錄。在國內歷次全國性科技期刊評比中均獲一等獎，1999年建國50年評優活動中獲“首屆國家期刊獎”，2001年《清華大學學報（自然科學版）》以“雙高”期刊進入“中國期刊方陣”，2002年獲“第二屆國家期刊獎”。

《清華大學學報（自然科學版）》獲國家期刊獎、國家“雙高”期刊、1992年以來歷次國家級和省部級一等獎、第一、二屆全國優秀科技期刊一等獎、教育部優秀期刊一等獎、第三屆中國出版政府獎提名獎。