《中國中醫基礎醫學雜志》創刊于1995年，是經原國家科委批準的學術性期刊，在國家自然科學基金委員會、國家中醫藥管理局、中國中醫研究院的大力支持下，由中國中醫研究院基礎理論研究所主辦。在雜志社全體人員的共同努力下，本刊在全國中醫基礎理論研究領域形成了一定的影響，成為中國中醫研究院基礎理論研究所對外樹立形象、擴大影響的重要窗口。在導向中醫基礎醫學研究、堅守中醫基礎理論陣地方面發揮了一定作用。

主要發表國家自然科學基金、衛生部科研基金、國家中醫藥管理局科研基金、各省市區及單位的科研基金項目文章，體現理論研究與實驗研究相結合；基礎研究與臨床研究相結合；重點發表具有創新思想的學術論文。本刊在繼續以往突出中醫特色的特點上，堅持立足中醫基礎理論，兼顧臨床基礎研究，理論研究與實驗研究相結合，基礎研究與應用研究相結合的辦刊方向。我刊努力創建出自己的特色，突出在實驗研究、臨床基礎研究、中醫文化、中醫多學科研究方面的優勢。面向全國，兼顧國外。

經歷了十年的時間，本刊先后成為中國學術期刊光盤版核心期刊、中文核心期刊醫學類核心期刊、中國科學引文數據庫擴展庫核心期刊、中國生物學核心期刊，為國家中醫藥管理局直屬重點期刊，在國內外中醫基礎研究方面具有重要的影響。先后成為安徽省、廣東省、河北省等省市區指定的晉升高級職稱的必發表文章的學術期刊。 現任社長胡鏡清，現任名譽主編為王永炎院士，主編孟慶云，常務副主編潘桂娟，副主編王昌恩，設有編輯部、廣告部、發行部、讀者服務部等機構。

《中國中醫基礎醫學雜志》獲國家科技部中國科技論文統計源期刊；中國學術期刊綜合評價數據庫來源期刊。