《福建中醫藥大學學報》（原:福建中醫學院學報）雙月刊。創刊于1991年，由福建中醫藥大學主辦。本刊堅持理論聯系實際，著重理論研究與臨床實踐，繼承與發揚并舉，重視學術爭鳴，立足本校，面向全國，走向世界。繼承和發揚祖國醫藥學，保持中醫特色，刊載研究中醫中藥，中西醫結合的新成果、新觀點、新技術、新方法和臨床各科的診療經驗，突出重點學校骨傷研究、針灸與推拿等欄目，充分體現高等中醫院校學報的特點。

《福建中醫藥大學學報》獲全國中醫藥優秀期刊；福建省高等學校自然科學優秀學報評比二等獎；福建省優秀科技期刊。