《南京農業大學學報》（雙月刊）創刊于1956年，是南京農業大學主辦的綜合性農業科學學術期刊，為自然科學版。主要刊登作物遺傳育種、生理生態、栽培與耕作，植物病蟲草害防治，生命科學，園藝科學，食品科學，動物醫學，動物科學，資源與環境科學，農業應用化學及農業工程等學科的研究論文、實驗技術、文獻綜述、科研簡報以及反映最新成果的科技快訊。

《南京農業大學學報》獲中國自然科學核心期刊、全國優秀科技期刊、第二屆江蘇省十佳科技期刊、中國期刊方陣“雙效”期刊。