《上海海洋大學學報》（雙月刊）創刊于1992年，是以水產科學技術為主的綜合性學術期刊。在反映學校各學科科學研究的同時，兼收國內外水產行業最新科學研究動態和成果，促進了學術與教學研究的交流與繁榮。主要欄目有研究論文、研究簡報、綜述等。據2006年版《中國科技期刊引證報告》（中國科學技術信息研究所）數據顯示，《上海海洋大學學報》影響因子由原來的0.287提高到0.368，在全國水產類科技期刊中排名第4位，居上海市高校學報（自然科學版）首位。總被引頻次為原來的200提高到291，在全國水產類期刊中排名第5位。被北京大學圖書館定為“中文核心期刊”、被中國科學院文獻情報中心定為“中國科學引文數據庫來源期刊”、被中國科學技術信息研究所定為“中國科技核心期刊”。

《上海海洋大學學報》獲水產類期刊二等獎、全國優秀農業期刊二等獎。