《福建工程學院學報》（雙月刊）創刊于1999年，本刊是由福建工程學院主辦的以工科為主的綜合性學術期刊。主要刊登工程技術與管理、高等工程教育教學研究等方面具有學術性、創新性的論文。其辦刊宗旨是“立足八閩，面向全國，弘揚學術，發展教育”，服務學院的教育科研，服務于海峽兩岸的經濟繁榮。辦刊方針是“創新性，科學性，實用性”，注重發揚地域文化特色，注重海峽兩岸的工程文化的建筑與發展，注重閩臺工程文化的交流。主要目錄工程技術理論、工程技術與實踐、高等工程教育研討、閩臺建筑文化。

《福建工程學院學報》2006年獲首屆“福建省高校精品、優秀、特色學報獎； 《CAJ-CD》規范執行優秀期刊； 2009年獲“全國高校學報編校質量優秀獎”；獲2002年中國高校（高職高專）自然科學學報二等獎。